口腔黏膜囊肿一般是小唾液腺破裂堵塞导致黏液潴留引起的。对于口腔黏膜囊肿，吃药通常不能起到根治的作用。
如果囊肿出现感染，可适当使用抗生素来控制感染，如阿莫西林、头孢氨苄等。阿莫西林是一种常用的青霉素类抗生素，它能抑制细菌细胞壁的合成，从而达到杀菌的作用。头孢氨苄也是抗生素，通过阻止细菌细胞壁的合成发挥抗菌功能，在对抗口腔内可能引发囊肿感染的细菌方面有一定效果。
同时可以配合使用一些清热解毒的中成药辅助治疗，像牛黄解毒片，它含有牛黄、雄黄等成分，有清热解毒的功效。不过这些药物只是针对感染症状起到缓解作用，不能消除囊肿。
在治疗口腔黏膜囊肿方面，主要的治疗方式还是手术切除或激光治疗。手术切除是比较彻底的治疗方法，能够直接将囊肿去除。激光治疗相对来说创伤小，恢复快，利用激光的能量使囊肿组织汽化，从而达到治疗目的。
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